Ofte stilte spørsmål om genotyping, del 2
Vi blir ofte kontaktet angående ulike problemstillinger rundt genotyping. Nedenfor finner du svar på noen ofte stilte spørsmål om genotyping av hunndyr i egen besetning. I Buskap 6/2023 kan du lese en artikkel med ofte stilte spørsmål om genotyping av semin- og embryodonoremner.
Er det ellers noe dere lurer på om genotyping, ta kontakt med oss på post@geno.no
– NRF-hunndyr i egen besetning
Jeg har ei drektig ku som ble dobbeltinseminert med to ulike okser. Kan man finne riktig far ved å GS-teste?
Ja, det er mulig å GS-teste NRF-dyr med usikker seminfar. Farskap på en kalv blir fastsatt når kalven er født og kalvingen blir rapportert til Kukontrollen. Basert på innrapporterte inseminasjoner, tildeles farskapet den oksen som det er mest sannsynlig at er far. I de fleste tilfeller er det en grei vurdering og farskap tildeles samtidig som den også får farkoden «Sikker inseminering». I noen tilfeller kan det imidlertid være flere insemineringer med ulike okser som har like stor sannsynlighet for å være far til kalven. Da blir kalven tildelt farkode «Usikker far, men far er en seminokse».
Med genotyping kan farskap fastsettes med høy sikkerhet, gitt at far er genotypet. Dette er tilfellet for alle NRFog Viking Rødseminokser som Geno tilbyr. Dersom det likevel ikke skulle vise seg å være en NRF- eller Viking Rød-seminokse som er far, er det ikke mulig å fastsette farskap. Da får dyret farkoden «ukjent far», og dyret står uten stamboknummer på far i stamtavla.
Det aller sikreste er om både mor og far til dyret er genotypet. Da kan det garanteres for både riktig farskap, samt at ombytting av kalver eller prøver kan avsløres. Det anbefales derfor å genotype mor til dyret samtidig, dersom mor fremdeles lever.
Dersom kun slektskapet på far er feil (slektskapet til mor/ morfar fremstår som riktig), rettes både farskapet og farkoden i Kukontrollen av Geno.
Hvor lang tid tar det før jeg får svar på genotypingen?
Det er beregnet at svartiden ligger mellom fire og åtte uker. Svartid på åtte uker har tatt høyde for at prøven feiler i genotypingen en gang og må genotypes på nytt, samt to uker med uforutsette hendelser (for eksempel feil i data eller avlsverdiberegning).
Unntaket er hvis det ikke er mulig å få noe resultat fra DNA-prøven som er sendt og at det derfor må sendes ut nytt prøveutstyr. I slike tilfeller må produsenten ta ut en ny prøve og sende inn til Biobank for et nytt forsøk. Ett ekstra sett med prøveutstyr er dekket i prisen produsenten betaler for genotypingen.
I 2022 fikk 87 prosent av alle dyr som det var bestilt GS-test av svar innen 30 dager. Dette kan du lese mer om i Buskap 3/2023.
Jeg har ei kvige med genetisk hornstatus KH etter GS-test. Da skal hun i teorien være kollet, men hun har noen små horn som sitter litt løst. Hva er dette?
Enkelte dyr med genetisk hornstatus KH, får hornlignende utvekster som kalles nyvler. Stort sett er dette oksekalver, men det kan også forekomme hos kvigekalver. Dette er ufullstendig utviklede horn som generelt er løse og ikke sitter fast i skallen. De varierer i størrelse fra små horntapper til nesten samme størrelse som vanlige horn. Hos noen dyr har man også sett at de delvis vokser fast i skallen når dyret blir eldre. Genet for nyvler nedarves separat fra horngenet. Homozygot kollete dyr får ikke nyvler, men heterozygot kollete dyr kan få nyvler. Per i dag er det ikke mulig å genotype dyr for nyvler.
Jeg har bestilt prøveutstyr for GS-testing av fem dyr. Det står et num-mer på hvert av GS-øre merkene. Er det tilfeldig hvilket som blir brukt på hver av de fem kalvene?
Nummeret som står på GS-øre-merkene og prøveglassene har ingen tilknytning til hunndyrene det er bestilt genotyping på. Det er etiket-ten som identifiserer riktig prøve til riktig dyr. Derfor er det viktig at GS-test ene som er bestilt kun brukes på de dyrene de er bestilt til. Etter at ørevevsprøven er tatt er det veldig viktig å passe på at numme-ret som står på GS-øremerket stem-mer overens med nummeret som står på prøveglasset og at prøven merkes med etiketten som tilhører det dyret. Det er lurt å dobbeltsjekke at disse to numrene stemmer over-ens før man sender prøvene inn. Derfor er det anbefalt å ta én og én prøve av gangen, putte prøven i lynlås posen og sette på riktig etikett før man setter i gang med neste.
Dersom det sendes inn prøver av dyr det ikke er bestilt GS-prøve til, med manuell endring av etiketten, blir mottatt prøve kastet.
Jeg bestilte genotyping på en kalv som mistet livet på grunn av sykdom før prøven ble tatt. Kan jeg sette GS-øremerket på en annen kalv?
GS-øremerket er ikke knyttet til kalven som er borte, men etiketten som er vedlagt med prøvematerialet kan ikke brukes på noe annet dyr. Slik det er i dag har vi ikke noe system for kun å bestille ny etikett, så en må dessverre bestille ny GS-test i Kukontrollen.
Det er 14 dagers angrerett fra dagen bestillingen gjøres, så man kan benytte seg av denne dersom dette skjer innenfor de 14 dagene. Ta kontakt med Genos kunde-senter for å kansellere kjøpet.
Dersom det er for sent å benytte angreretten, kan det være lurt å ta vare på prøve-utstyret da det innimellom kan være greit å ha tilgang til et ekstra sett om noe skulle bli ødelagt ved prøvetaking eller lignende. Prøveutstyret har lang holdbarhet hvis det lagres mørkt i romtemperatur.
Jeg har to dyr som jeg har tatt GS-test av, men jeg tror jeg har forvekslet prøvene ved innsending. Hva gjør jeg nå?
Dersom avstamningskontrollen i Geno avlsplan viser at det er avstamnings-feil, ønsker vi at du tar kontakt med oss så vi får rettet det opp. Det er da viktig at du oppgir GS-nummeret (nummeret på det grønne øremerket som ble satt inn ved uttak av øre-prøven) og opprinnelsesnummeret for dyrene du mistenker er forvekslet.
Jeg har sendt inn GS-test av to dyr som er født samme dag. Nå begynner jeg å mistenke at disse to har blitt forvekslet ved fødsel. Kan dette korrigeres ved å se på hvem som er rett far?
Ved å genotype dyret avsløres det i Geno avlsplan om dyret har rett far (og mor hvis mor er genotypet). Hvis det står at GS-test viser at det rett mor og far, så er alt i orden. Hvis det viser at det er feil, så ta kontakt med oss så vi kan forsøke å rette det.
Hva er genetisk hornstatus, BTA12, BTA8H, AH1, alfa-, beta- og kappakasein?
Genetisk hornstatus sier om dyret ditt er homozygot horna (HH), homozygot kollet (KK) eller heterozygot kollet (KH). Homozygot horna (HH) vil si at dyret kun er bærer av horn-genet og derfor er født med horn. Homozygot kollet (KK) vil si at dyret kun er bærer av kollet-genet, og derfor født kollet. Heterozygot kollet (KH) vil si at dyret er bærer av begge genene, men fordi genet for kollethet er domi-nant, er dyret kollet. Hvis du har ei kvige som har hornstatus KK, blir alle avkom etter denne kviga kollet. Årsaken til dette er at dyr med hornstatus KK garantert gir videre K-varianten til sine avkom, og fordi det kun trengs en K-variant for å bli kollete (fordi K-varianten er dominant) blir alle avkom kollete.
Fruktbarhetsdelesjonen (BTA12) og BTA8H er mutasjoner som påvirker fruktbarhet. Først-nevnte kan gi sent omløp eller kasting, sist-nevnte rask embryodød og tidlig omløp. AH1 er en mutasjon som kan føre til dødfødt eller svak/funksjonshemmet (PIRM-syndrom) kalv. Det er ikke farlig om kua er bærer av disse mutasjonene. De kommer kun til uttrykk hvis kalven arver genet fra både mor og far. Derfor er det viktig å ikke kombinere bærere med andre dyr som er bærere. I Geno avlsplan er det derfor ikke mulig å få forslag på okse som er bærer hvis kua/kviga også er bærer.
Alfa-, beta- og kappakasein er melkeproteiner. Genvariantene av disse, spesielt kappakasein, kan påvirke koaguleringsevne og osteutbytte. Kappakasein finnes i tre varianter, A, B og E, der B-varianten har vist seg å være mest gunstig for osteutbytte.
Jeg ønsker å genotype en kvigekalv, men feltet for å krysse av for bestilling er ikke aktivt. Hva er grunnen til dette?
Grunnen til det er at det er under 10 dager siden du meldte inn kalven. Denne grensen har vi satt for å forhindre at produsenter bestiller GS-test av dyr som Geno er interessert i. Kandidatene som er interessante for Geno er listet opp på forhånd, og får umiddelbart tilsendt prøvemateri-ale så fort de er meldt inn i Kukontrollen.
Jeg sendte inn ti dyr til genotyping samtidig, men har bare fått igjen svar på ni av dem. Hvorfor har jeg ikke fått svar på den siste?
Det hender at dyr feiler i genotypingen. Hvis ett av ti dyr ikke har fått resultater i Kukontrollen, betyr det mest sannsynlig at dyret feilet og har blitt sendt til genotyping på nytt. Hvis det er for lite DNA tilgjengelig blir det også sendt ut nytt prøveutstyr for dyret. Dette er inkludert i prisen og koster ikke noe ekstra. Det er under 0,5 prosent av alle prøver som analyseres som feiler og trenger tilsendt nytt utstyr.
Jeg har både kjøttfe og NRF. Jeg har bestilt gule øremerker for merking og uttak av øreprøve (OSID TST) til kjøttfedyrene mine. Kan jeg bruke disse for genotyping av NRF også?
Nei, du kan dessverre ikke benytte disse på NRF enda. Dette krever store endringer i systemene våre som enda ikke er på plass. Vi håper i fremtiden å kunne benytte denne typen øremerker for prøvetaking.
Jeg tror jeg har satt feil etikett på feil lynlåspose med prøveglass. Hvordan kan jeg kontrollere at jeg har satt riktig ID-klistrelapp på riktig prøveglass?
Dette kan du enkelt kontrollere med å se at nummeret som står på prøveglasset stemmer overens med nummeret som står på det grønne merket i øret til dyret som etiketten tilhører.
Hvordan bestiller man genotyping av hunndyr i egen besetning selv?
Det gjør du enkelt ved å logge deg inn på medlem.tine.no. Det kan bestilles for akkurat de NRF- hunndyrene du måtte ønske, som har seminfar. Det er ikke mulig å bestille av kryssingsdyr eller andre raser enn NRF. Bestillings-funksjonen ligger under «Styring og planlegging», deretter finner du fanen «Avlsplanlegging», for så å klikke på «Bestille genotyping NRF». Det neste du gjør er å huke av alle dyrene du ønsker å teste og trykker bestill.
Etter noen dager mottar du en konvolutt i posten med prøvemateriale. Du setter øremerket i øret, deretter skal nålen med vevsprøven ned i et vedlagt rør med væske før det legges i lynlåspose med påklistret etikett. Til slutt gjenstår det å sende prøven i vedlagt returkonvolutt tilbake til Biobank. Det er viktig å følge bruksanvisningen for prøvetaking nøye, slik at man unngår for eksempel forbytting av øreprøver mellom dyr. I denne prosessen er det viktig at du kun håndterer prøveutstyr for ett dyr av gangen. Dersom prøve-utstyr blandes, blir genotyperesultatene koblet til feil dyr. Dersom dyr blir stående med genotyperesultater fra et annet dyr så rammer dette ikke bare dyret selv, men gir også feil avstamning til mor for alle genotypede avkom.
Jeg ønsker å genotype ei kvige i fjøset mitt, men hun kommer ikke opp på bestillingslista.
Det kan være flere årsaker til at man ikke får bestilt genotyping. Det kan være fordi kviga er et krysningsdyr (mor eller far er av annen rase enn NRF), eller at kviga er av en annen rase enn NRF. En annen årsak kan være at faren til kviga ikke er seminokse.