Ny test for genomisk kjønn
I begynnelsen av 2023 vil Geno introdusere en ny test for å bestemme kjønn på dyr som genotypes. Dette vil hjelpe oss å finne dyr som har fått feil kjønn i Kukontrollen. I tillegg vil det prosessen med å selektere nye eliteindivider dra nytte av forbedret kvaliteten på data.
Avlsforsker i Geno
.jpg)
Figur 1. Genomisk kjønn, okser. Basert på genomisk informasjon er dyrene over den røde streken kyr, dyr mellom de to strekene har ikke klart genomisk kjønn og dyrene under blå strek er okser.
I mars i 2022 lanserte vi en ny versjon av SNP-chip for genotyping av NRF. En av de viktige oppdateringene i denne versjonen var at det ble lagt til 188 SNP`er for genotyping av polymorfisme (variasjoner i arvestoffet) på y-kromosomet. I kombinasjon med SNP`er fra x-kromosomet kan vi fastslå genomisk kjønn på et individ som genotypes.
Stemte for de aller fleste
I november 2022 var det 26 234 dyr som var genotypet med den nye SNP-chippen. Av disse var 6 558 registrert i Kukontrollen som okse og 19 666 som kyr. Alle disse dyrene har nå tilstrekkelig med data til at genomisk kjønn kan bestemmes. Det var 30 okser (0,46 prosent) som ble indentifisert til å være kyr basert på resultatene fra de genomiske analysene, og 59 kyr (0,30 prosent) som viste seg å være okser. I tillegg var det 71 okser (1,08 prosent) og 19 kyr (0,10 prosent) der genomisk kjønn ikke kunne bestemmes sikkert. For resten (98,46 prosent av oksene og 99,70 prosent av kyrne) stemte genomisk kjønn med kjønnet som var registrert i Kukontrollen.
Figur 2. Genomisk kjønn, kyr. Basert på genomisk informasjon er dyrene under den blå streken okser, dyr mellom de to strekene har ikke klart genomisk kjønn og dyrene over den rød streken er kyr.
Flere årsaker til avvik
Det kan være ulike årsaker til forskjellen i kjønn registrert i Kukontrollen og resultat av genomisk analyse, og særlig tre er åpenbare. Den første er forbytting av genomisk prøvemateriale mellom to dyr, den andre at det har blitt registrert feil kjønn i Kukontrollen og den tredje er genetisk kimerisme, hvor en enkelt organisme inneholder celler som stammer fra to forskjellige befruktede eggceller (zygoter). Ved å bruke genomisk analyse vil vi nå være i stand til å korrigere feil kjønn på dyr og forbedre datakvaliteten.