Helgenomsekvensering av eliteokser gir verdifull informasjon
Geno sin strategi er at alle eliteokser skal helgenomsekvenseres. Ved helgenomsekvensering blir alt arvestoffet til en okse avlest og millioner av SNPer og andre typer mutasjoner blir identifisert.
.jpg)
.jpg)
Iktyose er en ny og sjelden mutasjon, men var mulig å finne fordi vi hadde helgenomsekvensert de fleste eliteoksene. Fra Buskap nr. 1 i 2022.
Foto: Buskap
Før 2021 var rundt 650 NRF-okser sekvensert og over 15 millioner SNPer kartlagt. I løpet av 2021 ble 108 okser sendt til sekvensering. Sekvensdata gir verdifull informasjon som kan overføres til alle genotypede dyr og brukes som verktøy i forskningsprosjekter og til å forbedre chipen som brukes til genotyping. Sekvensdata brukes blant annet til finkartlegging av mutasjoner som påvirker viktige egenskaper i vesentlig grad. Finner man en slik mutasjon og greier å bestemme eksakt posisjon, får man bedre biologisk forståelse av egenskapen. Vi kan også inkludere mutasjonen i genotyping av alle dyr og man får dermed denne verdifulle informasjonen på alle genotypede dyr.
Iktyose er et eksempel
Et eksempel på en ugunstig mutasjon som ble oppdaget i NRF-populasjonen og som på sikt vil bli inkludert i genotyping av alle dyr er mutasjonen som forårsaker iktyose. Dette er en recessiv mutasjon, som betyr at den kommer kun til uttrykk hvis individet arver den fra både far og mor. Det er en nyoppstått og sjelden mutasjon, men var mulig å finne fordi vi hadde helgenomsekvensert de fleste eliteoksene. Les mer om denne mutasjonen i Buskap nummer 1 i 2022 (se buskap.no).
SNP står for Single Nucleotid Polymorphism og er punkter på DNAet der det er variasjon i basepar mellom individer.