Fra bestilt prøvemateriell til publiserte avlsverdier

Det tar fra fire til åtte uker fra Biobank mottar prøvene fra produsent til avlsverdier med genotypeinformasjon blir publisert. Figur 2 viser prøveflyten og prosessene for når ting skjer. Den totale leveringstiden avhenger av hvor fort ørevevet blir innsendt fra produsent. Postgang mellom produsent og Biobank tar i snitt en uke. Biobank sender prøver til laboratoriet en gang i uka. Prøver som mottas dagen etter en forsendelse, vil dermed ligge en uke hos Biobank før de blir sendt videre. Postgang mellom Biobank og laboratoriet tar omtrent en uke, og laboratoriet starter å prosessere prøvene når de mottas. Selve prosessen med genotyping tar omtrent to uker og laboratoriet sender resultater på prøver fortløpende til Geno. Hele prosedyren med avlsverdibergeningene tar omtrent en uke og det beregnes avlsverdier hver andre uke. Resultater som blir sendt fra laboratoriet rett etter at en avlsverdiberegning er startet, må dermed vente til neste avlsverdiberegning to uker senere. Det er derfor man kan oppleve at det er variasjon i tid for når man mottar resultatene fra genotyping.

God kvalitet på genotyperesultatene

Det er høy kvalitet på genotypene som vi mottar fra laboratoriet og det er svært sjelden det har vært feil med genotypene. Det hender det er noen prøver som feiler i selve genotypingen. Det er flere årsaker til dette, men prosedyren er at prøver som feiler første gang blir automatisk sendt til genotyping på nytt. De aller fleste prøvene vil deretter få genotyperesultater. Hvis prøven feiler for andre gang sendes det ut nytt prøvemateriell til individet, slik at det kan genotypes på DNA fra nytt ørevev.

Det var i gjennomsnitt bare 0,01 prosent av prøvene som feilet en gang i genotypingen og av disse er det omtrent 20 prosent som feiler for andre gang, hvor det da er nødvendig å sende ut nytt prøvemateriell. For 2021 utgjorde det i antall nesten 90 dyr.

I tillegg til at prøver feiler i genotypingen hender det at det er prøver som blir avvist før genotyping på grunn av manglende ørevev. Disse dyrene får også utsendt nytt prøvemateriell.

Nye og gamle produsenter

Av bestilte prøver i år var det 354 produsenter som bestilte for første gang. 148 produsenter har bestilt minst ett prøvemateriell hvert år siden oppstart i 2017, og 683 produsenter har bestilt minst ett prøvemateriell hvert år siden 2019. Av alle bestilte prøver i 2021 kommer omtrent 40 prosent fra besetninger som har bestilt genotyping hvert år siden 2019. I gjennomsnitt er det bestilt genotyping av 16 dyr per besetning.

I gjennomsnitt bare 0,01 prosent av prøvene som feilet en gang i genotypingen

Fylkesvis fordeling

Figur 3 viser prosentvis fordelingen av kvigekalver født i 2021 som er genotypet og ikke genotypet. I gjennomsnitt er 17 prosent av alle NRF-kvigekalvene genotypet, og de fleste fylkene ligger rundt dette gjennomsnittet. Et unntak er Vestfold og Telemark, hvor 28 prosent av fødte kviger i 2021 ble genotypet samme år. Figuren mangler data på kvigekalver som er født mot slutten av 2021 hvor det har blitt bestilt genotyping, men hvor resultater ikke foreligger enda.

Leveringsproblemer høsten 2021

Høsten 2021 bød på et par leveringsforsinkelser og en forsendelse som ble borte i posten mellom Biobank og laboratoriet. Alle dyr som hadde ørevev i forsendelsen som ble borte har fått tilsendt nytt prøvemateriell, og en del oksekalver måtte avvises på grunn av alder. Disse problemene førte til at flere resultater fra genotypingen ble forsinket på slutten av året. Leveringstiden på genotyper ble også delvis påvirket av covid-19, på grunn av underbemanning på laboratoriet som følge av karanteneregler.

Gode systemer avgjørende

Det er store datamengder å håndtere når det genotypes mellom 35 000 og 40 000 prøver i året, men det er laget gode systemer som klarer å håndtere den store dataflyten. Det er mange ledd og systemer som er involvert fra Biobank mottar bestilling av prøvemateriell til avlsverdiene med genotypeinformasjon er klar til publisering i Geno avlsplan og Kukontrollen. Fra en ørevevsprøve blir mottatt hos Biobank og til den får resultater blir den kontinuerlig overvåket, slik at man raskt kan avdekke om noen prøver mangler resultater innen forventet tid.