Ofte stilte spørsmål om genotyping

Jeg har fått tilsendt utstyr fra Geno og har sendt inn GS-testen for embryoemnet. Likevel ligger kviga i bestillingslista for genotyping av NRF-hunndyr. Hvorfor ligger det der? Da kan jeg jo risikere å bestille GS-utstyr til ei kvige som allerede er ­genotypet.

Alle embryoemner blir dessverre liggende i bestillingslista helt til genotyperesultatet er mottatt fra lab. I det embryoemnet får «Resultat mottatt» i lista «Avls­verdier NRF», forsvinner det fra bestillingslista. Vi får dessverre ikke endret på dette i Kukontrollen, men vi har lagt inn en sperre i våre systemer som forhindrer at det blir sendt ut utstyr til dyr som allerede har fått tilsendt utstyr som embryoemner. Det forhindrer også at du blir fakturert.

Geno er interessert i mange av dyrene mine, men til nå har alle blitt avslått. Hvorfor vil ikke Geno ha dem?

Geno genotyper ca. 8 000 seminokseemner og ca. 6 000 embryodonoremner hvert år, og av disse ønsker vi å kjøpe ca. 150 oksekalver og 90 kvigekalver. Det genotypes såpass mange kalver for å få et stort nok grunnlag til å finne de aller beste kalvene, og det betyr at de aller fleste kalvene vil bli avslått.

Mange vil muligens synes at det er bortkastet tid å sende inn øreprøver på oksekalver når sjansen for å få solgt kalven til Geno er så liten, og man ikke oppnår å få GS-avlsverdier på oksekalvene, i motsetning til kvigekalvene. Men når en oksekalv genotypes vil ­sikkerheten på avlsverdiene til mor til kalven forbedres, selv om økningen av sikkerhet på avls­verdiene ikke er like store som når hun selv er genotypet. I tillegg gir det oss mange gode kandidater å velge mellom slik at vi ender opp med de beste eliteoksene.

Hva er grunnen til at dere ikke vil ha kalven min? Den har jo så høy avlsverdi og en populær og god okse til far.

I gjennomsnitt kjøpes det inn tre sønner og ei til to kviger etter hver seminokse. Når vi skal kjøpe inn kalver så tar vi hensyn til avls­verdi, status for enkeltgeneffekter, slektskap (hvem er far, farfar, ­farmors-far, morfar og mormors-far) med mere. Vi ser også på profilen på ulike avlsverdier for ulike egenskaper hos de ulike ­kalvene. Noen mye brukte okser går igjen som far til svært mange kyr. For å begrense innavl og sikre genetisk variasjon må vi begrense hvor mange avkom og «barnebarn» vi kjøper inn etter hver seminokse. Dette vil medføre at vi må avvise mange svært gode kalver.

Jeg følger med i lista over seminokse- og embryodonoremner i Kukontrollen. I dag ble det født en kalv som jeg så at lå i lista, men i det jeg registrerte kalven inn i Kukontrollen, så forsvant den fra lista Hvorfor det?

Hvis kalven forsvinner fra lista i det øyeblikket du registrerer kalven inn i Kukontrollen så er det mest sannsynlig fordi kalven ikke har en sikker far. Hvis mor til kalven har blitt inseminert med to ulike okser (for eksempel ved en dobbeltinseminering), vil kalven få kode «Usikker far, men far er seminokse» og da er den ikke lenger aktuell fordi vi ikke kan vite hvem som er far til kalven.

Kalven som Geno genotypet ble avvist med beskjed om at det var feil slektskap på far og morfar eller far og mor.

Hvis det er avvik mellom det genetiske slektskapet til far og mor, eller far og morfar, i forhold til det som er registrert i Kukontrollen, så vil kalven kunne bli avvist med denne begrunnelsen. Slike avvik vil stort sett for­årsakes av at man enten har forbyttet kalver ved innregistrering i Kukontrollen/merking av kalven, eller at man har sendt inn DNA-prøve fra feil kalv.

Jeg har fått avvist kalven min fordi genotypingen feilet.

Dersom genotypingen av et seminokseemne feiler en gang, vil det bli sendt til regenotyping. Hvis det feiler enda en gang, for eksempel fordi DNA-kvaliteten er for dårlig, så vil kalven bli avvist umiddelbart. For embyodonoremner, så sendes det ut nytt prøveutstyr til kalven i håp om at produsenten skal få en GS-avlsverdi på dyret.

Hvor fort må dere ha inn ­prøven for seminokse- eller embryodonoremne etter ­kalven er født? Kan det bli for seint?

Ja, det kan bli for seint. Vi ønsker derfor at kalven så raskt som mulig etter fødsel meldes inn i Kukontrollen, og at øreprøven som mottas i posten så raskt som mulig returneres til Biobank.

Prosessen med å sende ut prøvemateriell og få det tilbake, samt prosessen med å få analysert DNA- prøven tar tid. Det er satt et krav om at innkjøpte kalver må ha kommet til Øyer innen de er fem måneder gamle. Men vi ønsker generelt å få inn kalvene så tidlig som mulig for å optimere oppdrettet av kalvene

Jeg fikk melding om at kalven min er avvist, men jeg sendte inn prøva for tre dager siden. Dere kan umulig ha fått ­analysert den så fort?

Dersom det tar for lang tid fra prøvetakingsutstyret er sendt ut til øreprøven blir returnert så vil kalven avvises automatisk. Prøven vil likevel bli analysert, men kalven vil ikke være aktuell for innkjøp.

Jeg får en del GS-tester i posten hvor det står at Geno er interessert i noen av dyrene mine. Koster det meg penger om jeg sender inn disse?

Nei, når du mottar et brev merket «DNA-prøve av kalv aktuell som avlsemne for Geno i din besetning» sammen med utstyr til uttak av en øreprøve, så vil Geno dekke kostnaden knyttet til genotypingen av kalven.

Jeg ønsker å genotype kalvene, kvigene og kuene mine. Hvordan bestiller jeg genotyping selv?

Det gjør du enkelt ved å logge deg inn på medlem.tine.no. Det kan bestilles for akkurat de NRF- hunndyrene du måtte ønske, som har seminfar. Det er ikke mulig å bestille av kryssingsdyr eller andre raser enn NRF. Bestillingsfunksjonen ligger under «Styring og planlegging», deretter finner du fanen «Avlsplanlegging» for så å klikke på «Bestille geno­typing NRF». Det neste du gjør er å huke av alle du ønsker å teste og trykker bestill.

Etter noen dager vil du motta en konvolutt i posten med prøve­materiale. Du setter øremerket i øret, deretter skal nålen med ­vevsprøven ned i et vedlagt rør med væske før det legges i lyn­låspose med påklistret etikett. Til slutt gjenstår det å sende prøven i vedlagt returkonvolutt tilbake til Biobank. I konvolutten med ­prøvematerialet ligger det en bruksanvisning for hvordan prøv­en skal tas, det er viktig å følge denne nøye slik at man unngår for eksempel forbytting av øreprøver mellom dyr. I denne prosessen er det viktig at du kun håndterer ­prøveutstyr for ett dyr av gangen. Dersom prøveutstyr blandes så vil genotyperesultatene kobles på feil dyr. Dersom dyr blir stående med genotyperesultater fra et annet dyr så vil det ikke bare ramme dyret selv, men også føre til at alle genotypede avkom vil få feil i avstamningen til mor.

Hvor lang tid tar det før jeg får svar på genotypingen?

Det er beregnet at svartiden ligger mellom fire og åtte uker. Svartid på åtte uker har tatt høyde for at prøven feiler i genotypingen en gang og må genotypes på nytt, samt to uker med uforutsette ­hendelser (for eksempel feil i data eller avlsverdiberegning).

Unntaket er om det ikke er mulig å få noe resultat fra DNA-prøven som er sendt og at det må sendes ut nytt prøveutstyr. I slike tilfeller må produsenten ta ut en ny prøve og sende inn til Biobank for et nytt forsøk. Ett ekstra sett med prøveutstyr er dekket i prisen produsenten betaler for genotypingen.

Jeg har ei drektig ku som ved et uhell ble dobbeltinseminert med to ulike okser. Kan jeg finne ut hvem som er rett far ved å genotype kalven når den blir født?

Ja, vi har åpnet opp for geno­typing av NRF-dyr med ­usikker seminfar. Farskap på en kalv blir fastsatt når kalven er født og ­kalvinga blir rapportert til Ku­­kontrollen. Basert på innrapp­orterte inseminasjoner tildeles ­farskapet den oksen som det er mest sannsynlig at er far. I de fleste tilfeller er det en grei vurdering og farskap tildeles samtidig som den også får farkoden ­«Sikker inseminering». I noen tilfeller kan det være flere insemineringer med ulike okser som har like stor sannsynlighet for å være far til kalven. Da blir kalven tildelt farkode «Usikker far, men far er en seminokse».

Med genotyping kan farskap fastsettes med høy sikkerhet, gitt at faren er genotypet. Dette er til­fellet for alle NRF- og Viking Rød-­seminokser som Geno tilbyr.

Merk følgende:

• Dersom det likevel ikke skulle vise seg å være en NRF- eller Viking Rød-seminokse som er faren til kalven, er det ikke mulig å fastsette farskap. Da får dyret farkoden «ukjent far» og dyret vil stå uten stamboknummer på far i stamtavla.

• Det aller sikreste er om både mor og far til dyret er genotypet. Da kan det garanteres for både riktig farskap, samt at ombytting av kalver eller prøver kan avsløres. Det anbefales derfor å genotype mor til dyret samtidig, dersom denne fremdeles lever.

• Dersom kun slektskapet på far er feil (slektskapet til mor/morfar fremstår som riktig), rettes ­farskapet og farkoden i Ku­­kontrollen av Geno. Dersom avstamningsfeilen er mer om­fattende så sjekk beskrivelsen på lenken: «https://www.geno.no/Geno/Nyheter/retting-av-avstamning-etter-genotyping-av-nrf-dyr/?parent=6»

• Det forventes at avlsverdi og indekser til dyret endrer seg som følge av slike rettinger, og med det blir mer riktig.

Jeg har bestilt prøveutstyr for GS-testing av fem ­hunndyr. Det står et nummer på hvert av GS-øremerkene, er det tilfeldig hvilket som blir brukt på hver av de fem kalvene?

Det nummeret som står på GS-øremerkene og prøveglassene har ingen tilknytning til hunndyrene det er bestilt genotyping på. Du kan sette hvilket øremerke du vil på det hunndyret du vil, men de GS-testene som er bestilt må kun brukes på de hunndyrene de er bestilt til. Etter at ørevevsprøven er tatt er det veldig viktig å passe på at nummeret som står på GS-øremerket stemmer overens med nummeret som står på prøveglasset som legges i lynlås­posen og merkes med etiketten som tilhører det dyret. Det er lurt å dobbeltsjekke at disse to numrene stemmer overens før man sender prøvene inn. Sånn sett er det anbefalt å ta én og én prøve av gangen, putte prøven i lynlås­posen og sette på riktig etikett før man setter i gang med neste.

Jeg bestilte genotyping på en kalv, den har blitt liggende en stund og nå nylig mista kalven livet grunnet sykdom. Kan jeg sette GS-øremerket på en annen kalv?

GS-øremerket er ikke knyttet til kalven som er borte, men etiketten som er vedlagt med prøve­materialet kan ikke brukes på noe annet dyr. Slik det er i dag har vi ikke noe system for å bestille kun ny etikett, så en må dessverre bestille ny GS-test i Kukontrollen. Ta vare på prøveutstyret da det er lurt å ha et ekstra sett på lager om det skulle mangle noe en gang, om noe blir ødelagt etc. Prøveutstyret har veldig lang holdbarhet.

Jeg har to dyr som jeg har tatt GS-test av, men jeg tror jeg har forvekslet prøvene ved innsending. Hva gjør jeg nå?

Hvis du oppdager at noe sånt har skjedd ønsker vi at du tar kontakt med oss så fort som mulig slik at vi kan forsøke å rette opp i det. Det er da viktig at du oppgir GS-nummeret (nummeret på det grønne øremerket som ble satt inn ved uttak av øreprøven) og opprinnelsesnummeret for dyra du mistenker er blandet.

Jeg har sendt inn GS-test av to dyr. Nå begynner jeg å mistenke at disse to har blitt forvekslet ved fødsel da dem er født samme dag. Kan dere hjelpe meg å finne ut av det ved å se hvem som er rett far?

Ved å genotype dyret vil det avsløres i Geno avlsplan om dyret har rett far og mor om hun også er genotypet. Hvis det står at GS-test viser at det rett mor og far, så er alt i orden. Hvis det viser at det er feil, så ta kontakt med oss så vi kan forsøke å rette det. Les mer her: https://www.geno.no/Start/Avl/geno-avlsplan/genotyping-avslorer-feil-slektskap/

Jeg sendte inn ti kviger til genotyping, men har bare fått igjen svar på ni av dem! Hvorfor har jeg ikke fått svar på den siste? Jeg sendte den samtidig som de andre.

Det hender at dyr feiler i genotypingen, og hvis ett av ti dyr ikke har fått resultat i Kukontrollen betyr det mest sannsynlig at dyret feilet og har blitt sendt til geno­typing på nytt. Hvis det er for lite DNA tilgjengelig så vil det sendes ut nytt prøveutstyr. Dette er inkludert i prisen og vil ikke koste noe ekstra. Det er under 0,5 prosent av alle prøver som analyseres som feiler og trenger tilsendt nytt utstyr.

Jeg tror jeg har satt feil etikett på feil lynlåspose med prøve­glass. Hvordan kan jeg kontrollere at jeg har satt riktig ID-klistrelapp på riktig prøveglass?

Dette kan du enkelt kontrollere med å se at nummeret som står på prøveglasset stemmer overens med nummeret som står på det grønne merket i øret til dyret som står på etiketten.

Jeg vil gjerne genotype ei kvige i fjøset mitt, men jeg får ikke bestilt! Hvorfor ikke? Feltet hvor jeg vil krysse av for bestilling er ikke aktivt.

Grunnen til det er at det er under 10 dager siden du meldte inn ­kalven. Denne grensen har vi satt for å forhindre at gårdbruker bestiller GS-test av dyr som Geno er interessert i. De kandidatene som er interessante for Geno er listet opp på forhånd og vil umiddelbart få tilsendt prøvemateriale så fort de er meldt inn i Kukontrollen.

Jeg vil gjerne genotype ei kvige i fjøset mitt her, men hun kommer ikke opp på bestillingslista.

Hvis man ikke får bestilt genotyp­ing så kan det være flere grunner til det. En grunn til at du ikke får bestilt genotyping er hvis dyret er et krysningsdyr (mor eller far er av annen rase enn NRF) eller at selve kviga er en annen rase enn NRF. En annen grunn er hvis far til ­kalven ikke er seminokse.

Jeg sitter og ser på GS-resultatene mine i Kukontrollen. Hva er genetisk hornstatus, fruktbarhetsdelesjon, AH1, alfa-, beta- og kappakasein?

Ved genotyping vil du få vite dyrets genetiske hornstatus. Denne statusen sier om dyret ditt er homozygot horna (HH), homozygot kolla (KK) eller heterozygot kolla (KH). Homozygot kolla (HH) vil si at dyret kun er bærer av horngenet og vil derfor være født med horn. Homozygot kolla (KK) vil si at dyret kun er bærer av ­kollagenet og derfor født kolla. Heterozygot kolla (KH) vil si at dyret er bærer av begge genene, men siden kolla-genet er dominant vil dyret være kollet. Hvis du har ei kvige som har hornstatus KK så vil hun kun få kolla avkom fordi de bare vil kunne nedarve kolla-genet fra mor.

Ved genotyping får du opplyst om dyret er bærer eller fri for fruktbarhetsdelesjonen (BTA12) eller AH1. Fruktbarhetsdelesjonen er en genetisk defekt, så dersom både mor og far til et avkom har denne delesjonen vil det i enkelte tilfeller gi embryodød (vil oppfattes som omløp) eller kasting. Kua vil dermed måtte insemineres på nytt og det tar lengre tid før den er i produksjon igjen. Grunnen til at fruktbarhetsdelesjonen er opprettholdt i NRF-populasjonen er dens ­positive sammenheng med melke­ytelse og melkesammen­setning. Før vi hadde informasjon om genotyping, så hadde vi ikke kunnskap om denne og andre typer genetiske defekter.

AH1 er også en genetisk defekt som tilsvarende fruktbarhetsdelesjonen kun vil uttrykkes negativt om avkommet nedarver genet fra både mor og far. AH1 vil i enkelte tilfeller kunne føre til dødfødsel, kalvingsvansker og merkelig tilvekst/funksjonshemning.

Frekvensen av fruktbarhetsdelesjonen og AH1 er i dag svært lav og det er kun få seminokser som er bærere av defektene. Heldigvis kan vi bruke genotypeinformasjon til å få fullstendig oversikt over hvem som er bærere, og om du genotyper hunndyrene dine får du vite bærerstatus og kan forhindre at bærere i besetningen blir inseminert med okser som også er bærere av samme defekt. Geno avlsplan bidrar også til å forhindre slike uheldige kombinasjoner.

Ved genotyping får en vite bærerstatus av de ulike kaseinvariantene. Alfa- beta- og kappakasein har med proteinet i melka å gjøre og kan blant annet ha påvirkning på osteproduksjon. Les mer om kaseinvariantene her: https://www.geno.no/Start/Avl/Genomisk-seleksjon/enkeltgener/kaseinvarianter-i-melk/

Jeg har ei kvige hos meg som har genetisk hornstatus KH etter GS-test. Da skal hun i ­teorien være kollet, men hun har noen små horn som sitter litt løst. Hva er det for noe?

Dette kan være det vi kaller «­nyvler». Noen dyr som har ­genetisk hornstatus KH får horn-lignende utvekster som ­kalles nyvler. Stort sett er dette oksekalver, men det kan også forekomme hos kvigekalver. Dette er ufullstendig utviklede horn som generelt er løse og ikke sitter fast i skallen. De varierer i størrelse fra små horntapper til nesten samme størrelse som vanlige horn. Hos noen dyr har man også sett at de delvis vokser fast i skallen når dyret blir eldre. Genet for nyvler nedarves separat fra horngenet og har derfor ingen effekt på om dyret er hornet eller kollet. Les mer om nyvler i Buskap nr. 7 i 2019.

Er det ellers noe dere lurer på om genotyping, ta kontakt med oss på post@geno.no

aavl