Avl

Hva jobber avlsavdelinga med for tida?

Artikkelen presenterer noen av de viktigste oppgavene avlsavdelinga jobber med for tida.

Håvard Tajet

Avdelingsleder Forskning, utvikling og implementering i Geno

havard.melbo.tajet@geno.no

Geno ønsker nå å lage modeller der det i større grad benyttes informasjon fra flere laktasjoner for å øke sikkerheten på avlsverdiene. Spesielt gjelder dette eksteriørdataene. Målet er at nye og bedre eksteriørmodeller kommer i høst. Foto: Rasmus Lang-Ree

Avlsavdelinga, eller avdelinga for forskning, utvikling og implementering, FUI, har ansvar for drift av det operative avlsarbeidet samt forskning, utvikling og implementering, som skal sørge for at avlsarbeidet blir mer effektivt. Forskningsoppgaver vi prioriterer skal sette den norske mjølkprodusenten i sentrum. I tillegg server vi Geno Global med faglig støtte innen avlsspørsmål.

Geno avlsplan

Programmet har nå vært ute nær 1,5 år og det begynner å få en funksjonalitet slik vi ønsket oss. Det er imidlertid viktig å fortsette dialogen med brukerne og fortsette å videreutvikle og finjustere programmet. En de viktigste oppgavene er å få gode prognoser for oksevalg slik at tilbudet på sæddosene stemmer best mulig overens med det avlsplanene kommer til å foreslå som førstevalg. På den faglige sida ønsker vi å forbedre innavlsstyringa til også å gjelde ikke-genotypa dyr slik at vi benytter avstamningsinformasjon til å sikre at ingen oksevalg gir innavlsnivå over en akseptabel grense (se egen artikkel på side 12). I tillegg til at dette vil øke prestasjonene til avkommene vil det gjøre at okser som er sterkt beslekta med mange dyr i populasjonen blir noe mindre brukt og dermed redusere innavlsøkninga i populasjonen generelt. Vi håper vi rekker å få på plass innavlsstyring på ikke-genotypa dyr innen det nye okseutvalget i mai.

Modellforbedringer

Med overgang fra avkomsgransking med høye sikkerheter på indeksene, til seleksjon av unge okser der sikkerheten er noe lavere, betyr det mye om vi klarer å utnytte all tilgjengelig informasjon enda bedre enn før. Vi ønsker nå å lage modeller hvor vi i større grad benytter informasjon fra flere laktasjoner. Spesielt gjelder dette eksteriørdataene. Vi ønsker også å utvide modellene til å ta hensyn til flere korrelerte egenskaper. Vi har som mål at nye og bedre eksteriørmodeller kommer i høst. Vi vet at krysningsfrodighet og innavl spiller en rolle på flere egenskaper. Krysningsfrodighet og innavl er i prinsippet samme fenomenet men med motsatt fortegn. Vi vet også at dette ikke er arvelig. Det vil si at et individ ikke tar med seg effekten av moras innavlsdepresjon eller farens krysningsfrodighet. Hvis vi kan korrigere for dette i indeksberegningene vil vi derfor kunne få større avlsframgang. Målet er å ha dette på plass i januar 2021

Genotypingsløypa

Vi har i høst opplevd at det har tatt altfor lang tid fra prøve for genotype har litt tatt til resultat har foreligget. Vi har også hatt utfordringer med logistikken på prøvene. I forbindelse med at vi introduserte en ny og bedre genotypings-chip i januar skifta vi analyselaboratorium. Basert på erfaringa fra i høst har vi sammen med laboratoriet forbedra prosessen og overvåkinga slik ventetida nå er betydelig redusert (se side 20).

Nytt referansegenom

Når vi gjør DNA-analyser er det viktig at vi vet hvor hver av SNP-ene er plassert på genomet. Storfe-verdenen har i stor grad anvendt det samme referansegenomet («kartet») fram til nå. Det er et gammelt kart basert på Hereford. Det er nå lansert et nytt Hereford referansegenom. Sjøl om mesteparten av «kartet» stemmer viser det nye kartet at noen SNP-er ligger andre steder på genomet enn først antatt. Vi jobber nå med å validere avlsverdier basert på det nye referansegenomet for å se hvor stor forbedringen av sikkerheten på GS-avlsverdiene blir. Hvis alt går etter planen, kan vi ta dette i bruk i begynnelsen av mai. Vi kan også nevne at vi er i gang med forstudier på å utvikle et egent NRF-referansegenom. Dette er basert på ny sekvenseringsteknologi og man vet ikke per i dag hvor stort potensialet for en egen NRF-referanse er.

Metangass

Vi har finansiering via Landbruksdirektoratet på kjøp og installering av utstyr for å registrere daglig metangassutslipp fra NRF-kuer. Utstyret vi har valgt heter «Greenfeed» og installeres i kraftfôrautomaten i besetninger vi har inngått avtale med. Vi har nå installert ca. halvparten av de 15 «Greenfeed»-maskinene vi har bestilt. På grunn av korona-situasjonene har installeringa stoppet noe opp.

Fôreffektivitetsindeks?

Vi har et internt mål om å utvikle en fôreffektivitetsindeks basert på en kombinasjon av faktiske fôrregistreringer og predikerte fôrregistreringer fra andre datakilder. Utstyr for faktiske fôrdata er kostbart, og vi jobber nå med ulike finansieringsalternativ for denne satsinga. Styret i Geno må involveres før endelig beslutninger tas. Det jobbes også med simuleringer som kan vise hvordan sikkerheten på en slik indeks vil øke etter hvert som antall fôrregistreringer øker. Dette for å kunne velge riktig investeringsnivå.

Så langt er ca. halvparten av de 15 bestilte «Greenfeed»-maskinene som skal måle metanutslipp fra kyr installert. Her fra forsøksfjøset ved NMBU. Foto: Aurora Hannisdal.

Retting av slektskap

Vi har brukt mye ressurser på å følge opp de feil i slektskap som genotyping avslører. En del opprettinger er relativt åpenbare, mens andre krever mer detektivjobb for å kunne konkludere. Verdien på å rette feil i slektskap har økt sikkerheten på indeksene med 1–2 prosentpoeng. I forbindelse med genotyping for å sjekke usikkert slektskap, anbefaler vi å genotype oppført mor i tillegg. Det gjør det mye lettere å trekke sikre konklusjoner. Les mer på side 6.

Beregningstid påavlsverdiberegningene.

Når den nye plattformen for avlsverdiberegninger ble lagd etter overgangen til GS, var beregningstida mellom 12 og 13 timer. Nå har vi passert ei uke, der den tyngste enkeltprosessen tar over 8 400 minutter. Vi vet at beregningstida kommer til å vokse eksponentielt videre og bli uoverkommelig hvis vi ikke gjør endringer. Vi jobber derfor med vi flere tiltak. Vi regner med at vi kan redusere tidsbruken på de tyngste analysene ned til 10 prosent i løpet av våren

Sekvensering

Sekvensering vil si at vi genotyper dyr med en langt større presisjon enn ordinær genotyping. Vanligvis leser vi ca. 50 000 punkter eller SNP-er på genomet til hvert individ. Ved full sekvensering leser vi 13–14 millioner SNP-er på genomet til hvert dyr. Denne økte informasjonsmengden vil ikke øke sikkerheten på indeksene noe vesentlig ved direkte anvendelse inn i GS-avlsverdiberegninger. Derimot gir den en mulighet til å kartlegge mer presist hvor det er viktige enkeltgen for ulike egenskaper, også kalt Genome Wide Association Studies, GWAS. Resultater fra GWAS-analyser kan anvendes i GS-modellene og gi økt sikkerhet på avlsverdiene. Vi har derfor nå sekvensert ca. 500 okser og vil fortsette å sekvensere alle eliteokser rutinemessig framover.