GS-prøver sendes nå til genotyping hver uke
Etter nyttår har det blitt sendt 1 000–2 000 GS-prøver hver andre uke fra Biobank til Neogen, laboratoriet vi bruker i Skottland. Fra februar startet Biobank å sende GS-prøver hver uke for å minske svartiden ytterligere.
Avlsforsker i Geno
hanna.storlien@geno.no
491 Lazydays er genotypet og har 17 i GS avlsverdi. 11891 Nedal er far, men hvitfargen sin har hun nok etter 11078 Gopollen som er morfar.
Når prøvene ankommer laben blir de først ekstrahert. Deretter blir så mange SNP-chiper som mulig fylt opp før prøvene går videre til analyse. En SNP er et enkeltområde (et basepar) på DNA der det er variasjon mellom individer i populasjonen, og en SNP-chip brukes til å lese av et visst antall SNPer (genetiske markører) jevnt fordelt utover alle kromosomene. Det går 96 prøver på én SNP-chip. Dette medfører at det alltid vil være noen prøver til slutt som ikke er mange nok til å få fylt opp en hel 96-chip. Disse må vente til neste forsendelse. Til nå har de resterende prøvene måtte vente på ny forsendelse i 14 dager før de blir prioritert først inn i kommende analyse. Prøvene som må vente vil alltid være de som er mottatt sist hos Biobank. Laben vil prioritere prøvene som har ventet lengst hos Biobank først i analysen.
Figur. Prosessen fra Biobank mottar prøven til resultatet er på plass i Kukontrollen.
Forsendelse hver uke korter ned ventetiden
Fra og med midten av februar 2020 startet Biobank med å sende prøver hver uke istedenfor hver andre uke. På den måten må prøver som ikke fikk plass i analyse i første omgang kun vente sju dager på ny leveranse slik at de kan bli sendt videre i prosessen. Dette vil korte ned svartiden med ei uke på de prøvene som må vente.
Gode rutiner gir kort svartid
Etter nyttår skiftet vi leverandør av SNP-chip og gikk over til å benytte en skreddersydd chip for bruk på NRF (Buskap 2/2020 – se buskap.no). Vi har kommet godt i gang med den nye chipen og opplever at laben har gode rutiner. Svartiden har gått betydelig ned etter en del utfordringer vi opplevde i løpet av høsten. Det er beregnet at svartiden nå ligger mellom 4 til 8 uker. Svartid på 8 uker har tatt høyde for at prøven feiler i genotypingen og må genotypes på nytt, samt 2 uker med uforutsette hendelser (for eksempel feil i data eller avlsverdiberegning). Om det skulle forekomme uforutsette hendelser som forsinkelser, feil i data og så videre, så har svartid på 8 uker tatt høyde for 2 uker med feilretting og ny avlsverdiberegning. Unntaket er om det ikke er mulig å få noe resultat fra DNA-prøven som er sendt og at det må sendes ut nytt prøveutstyr. I slike tilfeller må produsenten ta ut en ny prøve og sende inn til Biobank for et nytt forsøk. Ett ekstra sett med prøveutstyr er dekket i prisen produsenten betaler for genotypingen. Prosessen fra Biobank mottar prøven til resultatet er på plass i Kukontrollen er beskrevet i figuren.
Prøveutstyr til avlsemner sendes ut en til to ganger per uke
Prøveutstyr til avlsemner (seminokseemner og embryodonoremner) har tidligere blitt sendt ut fra Biobank med det samme kalven er meldt inn i Kukontrollen. For å spare litt penger på porto er det bestemt at det heller blir brukt en løsning som baserer seg på at det må være minst 200 konvolutter før de kan sendes. Det medfører at det kan ta noen ekstra dager fra kalven er meldt inn til utstyret blir sendt. I perioder med mange kalver sendes det ut to ganger i uka, mens i roligere perioder sendes det ut én gang i uka.
Vi oppfordrer samtidig alle til å sende inn prøva så fort som mulig etter at prøveutstyret er mottatt. Spesielt gjelder dette de som har oksekalver som selges som livdyr.