Egendesignet chip

Chipen vi har tatt i bruk nå har forskere i Geno designet selv, slik at den skal bli mest mulig egnet for NRF. Den består av 49 600 SNPer. En SNP er et enkeltområde (et basepar) på DNA der det er variasjon mellom individer i populasjonen. Ved genotyping bruker man en SNP-chip til å lese av et visst antall SNPer (genetiske markører) jevnt fordelt utover alle kromosomene. Den nye chipen inkluderer alle SNPer vi har brukt til nå, men i tillegg er det lagt til:

• SNPer som vil øke sikkerheten på alle testene vi har for hornstatus og genetiske defekter. I tillegg er det lagt til en test for nyvler

• SNPer som tester for mer enn 100 genetiske defekter som finnes i andre storferaser rundt om i verden

• SNPer som vil forbedre slektskapskontroll og søk etter slektskap i populasjonen

• SNPer som kan identifisere regioner på genomet som har stor effekt på fett- og proteinprosent i NRF

• SNPer som kan identifisere regioner på genomet som har stor effekt på produksjonsegenskaper på storfe generelt

Kan legge til 10 000 nye SNPer

I avtalen med Illumina står det at vi kan legge til 10 000 nye SNPer i tillegg til de som allerede er der, uten ekstra kostnader. Dette kan bli svært aktuelt for å legge til nye forbedra tester. Dette kan for eksempel være tester for nye genetiske defekter, dersom det skulle dukke opp. Per i dag tester vi for BTA12 (fruktbarhetsdelesjonen) og AH1 (mutasjon med ­negativ effekt på fruktbarhet (dødfødsel) og kalvehelse). Alle som genotyper hunndyr i besetningen vil kunne se bærerstatus på disse to defektene i Kukontrollen under «Styring og planlegging»  «Avlsverdier NRF».

Hvorfor skal jeg genotype?

Genotyping av hunndyrene i besetningen hjelper deg med å ta gode og riktige valg. Hvilke dyr bør jeg inseminere med RedX™ (kjønnsseparert hunndyr-sæd)? Hvilke dyr har lavest avlsverdi og er en god kandidat for NRF-embryoinnlegg eller kanskje aktuelle for inseminasjon med kjøttfesæd? Resultatet fra genotypingen gir deg oversikt over hva slags potensial dyrene dine har. Når en kalv blir født får den tildelt avls­verdi og indekser som er resultat av et gjennomsnitt av mor og far. Du kan bestille genotyping allerede 10 dager etter kalven er født og resultatet fra genotypingen vil kunne vise indekser som er både lavere og høyere enn gjennomsnittet av mor og far alt ettersom hvilke gener kalven har arvet.

GS-data inkluderes i Geno avlsplan

All informasjon fra genotyping blir inkludert inn i Geno avlsplan og vil gi en mye mer presis oksetildeling enn om dyret ikke er genotypet. Geno avlsplan vil også ta hensyn til bærerstatus av genetiske defekter slik at bærere ikke blir koblet med en okse som er bærer av samme defekt. I tillegg vil ­kombinasjoner som kan forårsake kalvingsvansker unngås. Ved genotyping vil en også ha full­stendig oversikt over slektskap til andre dyr i populasjonen som også blir inkludert i Geno avlsplan, og en sterk innavlskontroll vil dermed ligge bak å passe på så ingen slektninger vil bli kombinert.