Avl

Retting av slektskap i Kukontrollen

Formålet med å genotype oksekalver og kviger/kyr er å øke sikkerheten på avlsverdiberegningene. En tilleggsgevinst er at det gir svar på om slektskapet som er fastsatt på dyret i Kukontrollen er riktig.

Anne Guro Larsgard

Avlskonsulent i Geno

anne.guro.larsgard@geno.no

Marte Holtsmark

Avlsforsker i Geno

marte.holtsmark@geno.no

Hanna Storlien

Avlsforsker i Geno

hanna.storlien@geno.no

Det er tre hovedårsaker til at slektskapet blir feil: feilrapporterering ved inseminasjon, forbytting av to kalver ved kalving og at det er tatt prøve fra feil dyr. For ordens skyld: Kalven på bildet har ikke hatt feil på slektskapet. Foto: Jens Petter Larsen

Ved rapportering av kalving i Kukontrollen opprettes kalven som individ, og den tildeles mor og far. Naturlig nok fastsettes mor som den kviga/kua som føder kalven. Far fastsettes basert på innrapporterte inseminasjoner som gir en normal drektighetslengde (280 dager +/- 15 dager). I noen tilfeller er det opplagt hvilken inseminasjon som har gitt opphav til kalven. I andre tilfeller kan det være flere alternativer, eller det kan mangle innrapporteringer på bedekning. Dette avspeiles i ‘Sikker farkode’-betegnelser som alltid fastsettes sammen med farskapet (se tabell 1 som viser variantene av ‘Sikker farkode’).

Fastsettelse av slektskap med genotyping

Det finnes to ulike metoder for å bestemme slektskap på genotypa dyr. Disse metodene kan under riktige forutsetninger bekrefte eller avkrefte om slektskapet som er fastsatt i Kukontrollen er riktig. I skrivende stund (5. september 2019) er det totalt 76 500 genotypa NRF-dyr. Av disse er det 2 496 som det er avdekket feil slektskap på. Det tilsvarer 3,3 prosent, og det er en svært lav andel sammenlignet med andre land og populasjoner. Det er et godt bevis på at innsamlingen av de nødvendige grunnlagsdataene fra ulike kilder til Kukontrollen fungerer veldig bra.

Beskrivelse av metodene

Metode 1 baserer seg på SNPer der far og/eller mor sin genotype og kalven sin genotype bryter med de mendelske arveprinsippene (mendelske feil). Metoden bruker informasjon fra omkring 750 SNPer som er jevnt fordelt på alle kromosomer og hvor begge alleler er vanlig forekommende. Et avkom arver et allel fra hver av foreldrene, og det betinger at avkommet kun kan ha AB-varianten i eksempelet i figur 1. Dersom flere enn 1 prosent (7) SNPer viser slike avvik, vil slektskapet med enten mor, far eller begge, underkjennes. Dette er en ICAR-godkjent metode, og den fungerer da også som kvalitetsstempel på at slektskapet på eksporterte dyr er riktig.

Metode 2 bygger på at det beregnes genomisk slektskap mellom genotypa dyr. Slektskapet mellom foreldre og avkom forventes å være 0,5. Dersom det avviker betydelig fra dette, antas farskapet og/eller morskapet å være feil. Dersom riktig far og/eller mor er genotypet, er det mulig å fastsette det riktige slektskap. Dersom mor ikke er genotypet ser vi også på genomisk slektskap til morfar (forventet slektskap 0,25) for å kunne skille mellom årsakene til feil slektskap (se nedenfor).

Vi har utviklet rutiner for å bruke begge metodene, og det er svært godt samsvar mellom resultatene.

Tabell 1. Variantene av ‘Sikker farkode’
Kode	Beskrivelse
0	Ukjent far. Ingen innrapportert inseminering eller paring som kan gi aktuelt kalvingstidspunkt.
1	Sikker far etter inseminering. Kun én inseminasjon innenfor intervallet for normal drektighetstid.
2	Usikker far etter inseminering. Flere insemineringer/paringer som kan være aktuelle.
3	Sikker far etter paring. Kun én innrapportert paring innenfor intervallet for normal drektighetstid.
4	Usikker far etter paring.
5	Sikker far etter eggtransplantasjon uten kjent genetisk mor.
6	Usikker eggtransplantasjon.
7	Usikker far etter semin, men det er sikkert at det er et seminavkom (dobbeltinsemineringer).
8	Sikker far etter eggtransplantasjon med kjent genetisk mor.

Årsak til feil slektskap

Vi ser at det i hovedsak er tre årsaker til feil slektskap:

Det er rapportert feil oksenummer ved inseminering. I slike tilfeller vil far være feil og mor være riktig. Foreløpig er det en relativt lav andel av de genotypa dyrene som også har mor som er genotypet (17 prosent).
To kalver kan ha blitt forbyttet ved kalving. Da vil mor være feil og i de aller fleste tilfellene far også. Dersom mor ikke er genotypet, er det umulig å skille denne kategorien fra 1.
Det er tatt prøve fra feil dyr. Dette vil også gi samme type feil som 2. Denne kan avdekkes ved å sjekke at genotype-øremerket sitter på riktig dyr.

Om årsaken til både feil far og mor skyldes 2 og 3 er dette viktig å få avdekket, da disse feilene må rettes på ulikt vis.

Rette feil

Figur 1. Prinsippene for å avdekke feil slektskap med metode 1 dersom både mor og far er genotypet. I dette eksemplet kan avkommet kun ha AB-varianten.

I Geno avlsplan vises nå informasjonen om at slektskapet til far og mor (hvis genotypet) er riktig med en grønn avhuking på de dyrene som er genotypet.

Målet er at flest mulig av de avdekkede feilene skal kunne rettes. Selv om en viss andel også gjelder dyr som er slaktet, vil man da unngå at feilen forplanter seg videre i stamtavler der aktuelle dyr forekommer som morfar, mormorsfar og så videre.

Av de ca. 2 500 dyrene vi har avdekket feil slektskap på, er det omkring 700 hunndyr vi med sikkerhet kan si at det kun er farskapet som er feil. For de fleste av disse vil vi kunne fastsette riktig farskap, gitt at det er brukt NRF-semin. Disse farskapsfeilene er det planer om å rette i Kukontrollen i løpet av høsten. Det betyr at dersom du har et slikt tilfelle i fjøset ditt, vil du kanskje oppdage at farskapet til aktuell ku har blitt endret. Det vil også kunne ramme dyr som i senere generasjoner har denne kua som mor, mormor og så videre. Slike rettinger vil kunne påvirke avlsverdiene til dyret og dets avkom.

I andre tilfeller kan det være nødvendig å genotype mor og/eller sjekke identifikasjon på GS-øremerke, for å finne ut av feilen. Planen er å fortsette med å bruke Geno avlsplan for å vise feil, samt legge på meldinger som viser hvordan rettinger kan gjøres.

Genotype dyr med usikker seminfar

I dag er det kun mulig å bestille genotyping av dyr med sikker seminfar (kode=1). Etter hvert vil det bli åpnet for også å kunne genotype kyr som har usikker seminfar (kode=7), og basert på dette få fastsatt riktig farskap på slike dyr.