Ofte stilte spørsmål om genotyping

Interessen for genotyping av hunndyr er stor og vi har nå bikket 32 000 produsentbestilte GS-prøver av NRF-hunndyr siden oppstart i 2017. Dette er gledelig å se og vi håper interessen opprettholdes og at dere fortsetter å genotype hunndyrene i besetningen deres!

Geno genotyper ca. 8 000 seminokseemner og ca. 6 000 embryodonoremner hvert år. Av disse ønsker vi å kjøpe ca. 150 oksekalver og 90 kvigekalver. Dette vil nødvendigvis bety at vi vil måtte avslå de aller fleste kalvene vi får tilbudt.

I gjennomsnitt kjøpes det inn 3 sønner og 1–2 kviger etter hver seminokse. Når vi skal kjøpe inn kalver så tar vi hensyn til avlsverdi, status for enkeltgeneffekter (genetisk hornstatus, fruktbarhetsdelesjonen, AH1), slektskap (hvem er far, farfar, farmors-far, morfar og mormors-far). Vi ser også på profilen på avlsverdier for ulike egenskaper hos de ulike kalvene. Noen mye brukte okser går igjen som far til svært mange kyr. For å begrense innavl og sikre genetisk variasjon må vi begrense hvor mange avkom og «barnebarn» vi kjøper inn etter hver seminokse. Dette vil medføre at vi vil måtte avvise mange svært gode kalver.

For å styre hvor mange sønner og døtre som genotypes etter hver okse så oppdateres kriteriene som styrer hvilke kalver det sendes ut prøvetagningsutstyr på hver måned. Tre dager før forventet kalving sendes det ut en SMS om at kalven som ventes potensielt er av interesse for Geno. Hvis utlistingskriteriene justeres mellom utsendelsen av SMS-meldingen og tidspunktet kalven meldes inn i Kukontrollen, så kan kalven i mellomtiden ha blitt uinteressant. Det samme kan skje dersom den kun har vært av interesse dersom den ble født med et bestemt kjønn (for eksempel kun som seminokseemne, men ikke som embryodonoremne). På samme måte kan justeringene av utlistingskriteriene medføre at kalver som ikke var interessante 3 dager før fødsel (tidspunktet for utsendelse av SMS), får tilsendt utstyr dersom de har kommet inn på listen etterpå.

Man skal derfor alltid sende inn øreprøve på det dyret som er spesifisert på det tilsendte ut­­styret.

Hvis det er avvik mellom det genetiske slektskapet til far og mor, eller far og morfar, i forhold til det som er registrert i Ku­­kontrollen, så vil kalven kunne bli avvist med denne begrunnelsen. Slike avvik vil stort sett forår­sakes av at man enten har forbyttet kalver ved innregistrering i Kukontrollen/merking av kalven, eller at man har sendt inn DNA-prøve fra feil kalv.

Dersom genotypingen av et seminokseemne feiler en gang, for eksempel fordi DNA-kvaliteten ble for dårlig, så vil kalven bli avvist umiddelbart. For embyodonoremner, så prøver vi å regenotype ­kalven i håp om at produsenten skal få en GS-avls­verdi på dyret. Hvis vi ikke har mer DNA tilgjengelig så vil kvigekalven bli avvist, og produsenten vil eventuelt måtte bestille genotyping av dyret selv, på vanlig måte, via Kukontrollen.

Prosessen med å sende ut prøvemateriell og få det tilbake, samt prosessen med å få analysert DNA- prøven tar tid. Samtidig er det satt et krav om at innkjøpte kalver må ha kommet til Øyer innen de er fem måneder gamle. Men vi ønsker generelt å få inn kalvene så tidlig som mulig for å optimere oppdrettet av kalvene. Vi ønsker derfor at kalven så raskt som mulig, etter fødsel, meldes inn i Kukontrollen, og at øreprøven som mottas i posten så raskt som mulig returneres til Biobank.

Dersom det tar for lang tid fra prøvetagningsutstyret er sendt ut til øreprøven blir returnert så vil kalven avvises automatisk. Prøven vil likevel bli analysert, men kalven vil ikke være aktuell for innkjøp.

Nei, når du mottar et brev merket «DNA-prøve av kalv aktuell som avlsemne for Geno i din besetning» sammen med utstyr til uttak av en øreprøve, så vil Geno dekke kostnaden knyttet til genotypingen av kalven.

Mange vil muligens synes at det er bortkastet tid å sende inn øreprøver på oksekalver når sjansen for å få solgt kalven til Geno er så liten, og man ikke oppnår å få GS-avlsverdier på oksekalvene, i motsetning til kvigekalvene. Men når en oksekalv genotypes vil sikkerhet på avlsverdiene til mor til kalven forbedres, selv om økningen av sikkerhet på avlsverdiene ikke er like store som når hun selv er genotypet.

Det gjør du enkelt ved å logge deg inn på medlem.tine.no. Det kan bestilles for akkurat de NRF- hunndyrene en måtte ønske, men de må ha sikker seminfar. Det er heller ikke mulig å bestille av krysningsdyr eller andre raser enn NRF. Bestillingsfunksjonen ligger under «Styring og planlegging», deretter finner du fanen «Avlsplanlegging» for så å klikke på «Bestille genotyping NRF». Det neste du gjør er å huke av alle du ønsker å teste og trykker bestill.

Deretter vil du etter noen dager motta en konvolutt i posten med prøvemateriale. Du setter øremerket i øret, og deretter skal nålen med vevsprøven ned i et vedlagt rør med væske før det legges i lynlåspose med påklistret etikett. Til slutt gjenstår det å sende prøven i vedlagt returkonvolutt tilbake til Biobank på Hamar.

Det nummeret som står på øremerkene og prøveglassene har ingen tilknytning til kalvene det er bestilt genotyping på. Du kan sette hvilket øremerke du vil på den kalven du vil, men de GS-testene som er bestilt må kun brukes på de kalvene de er bestilt til. Det er også veldig viktig å passe på at nummeret som står på øremerket stemmer overens med nummeret som står på prøveglasset. Det er lurt å dobbeltsjekke at disse to numrene stemmer overens før man sender dem inn. Sånn sett er det anbefalt å ta én og én prøve av gangen, putte prøven i lynlåsposen og sette på riktig etikett før man setter i gang med neste.

Hvis du oppdager at noe sånt har skjedd ønsker vi at du tar kontakt med oss så fort som mulig slik at vi kan forsøke å rette opp i det. ID fra prøveglasset som ble sendt inn til Biobank kan benyttes for å sjekke at det stemmer overens med nummeret som står på øremerket som sitter på kalven.

Geno holder på å lage et system hvor produsentene vil kunne finne informasjon om avvik mellom slektskapet i Kukontrollen og det genetiske slektskapet som beregnes ut ifra DNA-prøven. Når det er på plass vil du kunne bruke informasjonen til å avklare om dyra er forbyttet slik at dere kan rette slektskapet i Kukontrollen.

Øremerket er ikke knyttet til kalven som er borte, men etiketten som er vedlagt med prøvematerialet kan ikke brukes på noe annet dyr. Slik det er i dag har vi ikke noe system for å bestille kun ny etikett, så en må dessverre bestille ny GS-test i Kukontrollen. På sikt vil vi forsøke å komme opp med en løsning slik at en kan bestille kun ny etikett for å få brukt opp prøvemateriale en har liggende.

Dette kan du enkelt kontrollere med å se at nummeret som står på prøveglasset stemmer overens med nummeret som står på det grønne merket i øret til kalven som står på etiketten.

Hvis man ikke får bestilt geno­typing så kan det være flere grunner til det. En grunn kan være at det er under ti dager siden du meldte inn kalven. Denne grensen har vi satt for å forhindre at gårdbruker bestiller GS-test av dyr som Geno er interessert i. De ­kandidatene som er interessante for Geno er listet opp på forhånd og vil umiddelbart få tilsendt prøvemateriale så fort de er meldt inn i Kukontrollen. På den måten forhindres det at bonden bestiller GS-test for dyr som får sponset GS-test gjennom Geno.

En annen grunn til at du ikke får bestilt genotyping er hvis dyret er et krysningsdyr (mor eller far er av annen rase enn NRF) eller at det er andre raser enn NRF.

En tredje grunn er hvis far til kalven ikke er sikker seminokse. Det kan også gjelde om det er sikker seminokse, men du ikke vet hvem som er den riktige faren. Dette skjer typisk ved en dobbeltinseminering der det er brukt to forskjellige okser. Geno ønsker i løpet av året å åpne for genotyping av denne kategorien også. Dette har ikke vært mulig tidligere fordi vi ikke har hatt noen rutine for å håndtere usikker far. Vi jobber nå med å finne en løsning på dette slik at vi kan bidra med å finne rettmessig far til slike dyr.

Ved genotyping vil du få vite dyrets genetiske hornstatus. Denne statusen sier om dyret ditt er homozygot hornene (HH), det vil si at dyret kun er bærer av horngenet og derfor være født med horn, homozygot kolla (KK), kun bærer av kollagenet og derfor født kolla, eller heterozygot kolla (KH), bærer av begge genene men siden kollagenet er dominant vil dyret være kollet. Hvis du har ei kvige som har hornstatus KK så vil hun kun kunne få kolla avkom fordi de bare vil kunne nedarve kollagenet fra mor.

Ved genotyping får du opplyst om dyret er bærer eller fri for frukt­barhetsdelesjonen. Fruktbarhets­delesjonen er en genetisk defekt, så dersom både mor og far til et avkom har denne delesjonen vil det i enkelte tilfeller gi embryodød (vil oppfattes som omløp) eller kasting. Kua vil dermed måtte insemineres på nytt og det tar ­lengre tid før den er i produksjon igjen. I 2016 var 30 prosent av seminoksene i Geno bærere av denne delesjonen, og den ble opprettholdt ved høy frekvens på grunn av dets positive sammenheng med melkeytelse og melkesammensetning.

AH1 er også en genetisk defekt som tilsvarende fruktbarhetsdelesjonen kun vil uttrykkes negativt om avkommet nedarver genet fra både mor og far. AH1 vil i enkelte tilfeller kunne føre til dødfødsel, kalvingsvansker og merkelig tilvekst/funksjonshemning. Bærerstatus på AH1 vil bli synlig i Kukontrollen etter hvert.

Frekvensen av fruktbarhetsdelesjonen og AH1 er i dag svært lav og det er kun få seminokser som er bærere av defektene. Heldigvis kan vi bruke genotypeinformasjon til å få fullstendig oversikt over hvem som er bærere, og om du genotyper hunndyrene dine får du vite bærerstatus og kan forhindre at bærere i besetningen blir inseminert med okser som også er bærere av samme defekt.

Ved genotyping får en også vite bærerstatus av de ulike kasein­variantene. Alfa-, beta- og kappakasein har med proteinet i melka å gjøre og kan blant annet ha påvirkning på osteproduksjon. Kaseinvariantene vil det komme mer informasjon om i en egen artikkel i Buskap nr 5.

Dette kan være det vi kaller «nyvler». Noen dyr får hornlignende utvekster som kalles nyvler. Dette er ufullstendig utviklede horn som generelt er løse og ikke sitter fast i skallen. De varierer i størrelse fra små horntapper til nesten samme størrelse som vanlige horn. Hos noen dyr har man også sett at de delvis vokser fast i skallen når dyret blir eldre. Genet for nyvler nedarves separat fra horngenet og har derfor ingen effekt på om dyret er hornet eller kollet.

Det hender at dyr feiler i geno­typingen, og hvis ett av ti dyr ikke har fått resultat i Kukontrollen betyr det mest sannsynlig at dyret feilet og har blitt sendt til genotyping på nytt. Hvis det er for lite DNA tilgjengelig hos Biobank så vil det sendes ut nytt prøvemateriale. Dette er inkludert i prisen og vil ikke koste noe ekstra. Av 1 152 prøver som sendes til analyse hver andre uke, så er det ca. sju som feiler hver gang.