Genotyping i egen besetning – status
Siden vi åpnet for bestilling av genotyping som betalingstjeneste 1. juni i år er det bestilt genotyping av til sammen 3154 kvigekalver og kyr.
Cecilie.Odegard@geno.no
Avlsforsker i Geno
aingunn.nevdal@geno.no
Husdyrkonsulent i Geno
Genotyping av kviger og kyr i egen besetning gir økt avlsframgang fordi man får bedre grunnlag for rekruttering av mødre til neste generasjon. På bildet ser vi ku nummer 1099 Bøhlin fra Timpelen ku. Far 10542 Bøhler og morfar 10115 Raastad. Kua har hatt fem kalver.
Foto: Elisabeth Theodorsson
Det var en stor strøm av bestillinger når vi åpnet for genotyping av hunndyr i egen besetning. Som figur 1 viser, så var det i juni nesten 1 400 kviger og kyr det ble bestilt genotyping på. Sommermånedene lå det rundt 300 – 500 bestilte prøver per måned, mens vi ser at i september har antall bestilte prøver økt igjen. Dette er som forventet, da vi snart går inn i toppsesongen for inseminering.
Figur 1. Oversikt over antall bestillinger, innsendte prøver som er mottatt av Biobank og antall prøver som er sendt til genotyping.
Ikke lang ventetid
Figuren viser også antall vevsprøver vi har mottatt og antall DNA-prøver som er sendt til analyse. Disse henger tett sammen, og det viser at prøvene ikke må vente lenge i kø før de blir analysert. Vi vurderer hele tiden antall prøver vi har og hvor mye som må analyseres per gang for å unngå at produsenter må vente lenge på resultater. Begrensningen ligger i antall prøver som kan være med i én omgang. For analysene bruker vi et brett som har plass til 384 prøver, og vi vurderer hele tiden hvor mange brett vi må analysere om gangen for å få resultatet fram til produsent så raskt som mulig.
Hvis det ikke er nok prøver til å fylle opp et brett når det skal sendes til analyse, må disse prøvene vente til neste omgang. Det er ikke kun disse prøvene som skal ha plass, også prøver fra oksekalver, oksemødre og kvigekalver til embryoproduksjon skal analyseres.
Hunndyr som feiler i analysen
Det hender at noen få dyr feiler i analysene. Rutinen for dette er at prøven blir sendt til analyse på nytt. Feiler den enda en gang vil det bli sendt ut nytt prøvemateriell, slik at vi henter inn ny vevsprøve. Får man tilsendt et nytt prøvemateriell for ei ku som det allerede har blitt tatt prøve av er dette årsaken. Ett ekstra prøvemateriell er inkludert i prisen for genotyping. Feiler analysen igjen og kua ikke får resultater, vil man måtte bestille og betale genotyping på nytt for dette dyret. Erfaringen fra genotypingen av oksekalver tilsier at dette vil skje ytterst sjeldent.
Hvis man derfor opplever manglende resultater kun på ei kvige eller ku når man får resultater på de andre det er bestilt genotyping på, har dette dyret mest sannsynlig feilet i analysen. Grunnen til at prøven til kua feiler i analysen kan være at DNA-kvaliteten ikke er god nok slik at analysen ikke klarer å lese av hvilke basepar dyret har på punktene på DNA som skal leses av.
Når det tas ørevevsprøve av kua er det viktig at røret med vevsbiten og lokket blir satt riktig på, slik at væsken i røret ikke renner ut under frakt. Dette kan være med å bidra til at DNA-kvaliteten reduseres. Når lokket skal settes på er det viktig at det ikke presses for hardt heller, for da kan det også bli ødelagt. Vi opplever at dette i veldig stor grad er gjort helt riktig. Det er kun noen få prøver hvor væsken i røret har rent ut under frakten.
Hvilke hunndyr genotypes
Over halvparten av dyr det er bestilt genotyping på er født etter 1.1.2016, som figur 2 illustrerer. Det vil si at mange bruker en strategi der kvigekalver og unge dyr som skal rekrutteres framover blir genotypet. Dette er en strategi som på både kort og lang sikt vil være god for besetningen, fordi disse dyra vil mest sannsynlig bli mødre til neste generasjon døtre. Som mødre vil de være viktige bidragsytere, fordi disse kyrne vil ha egne fenotyper og bli inkludert i beregningen av døtrenes avlsverdi. Dette gjør at avlsverdien på genotypede døtre (og sønner) vil bli enda sikrere.
På kort sikt, kan det også være lurt å genotype eldre kyr som har bidratt genetisk sett mye i buskapen, i form av å være mødre til kvigekalvene. Disse kyrne har hvis de blir genotypet både genotype og fenotype, og vil dermed bidra positivt til avlsverdien til en genotypet kvigekalv. Figuren viser at det er noen eldre kyr det også er bestilt genotyping av. De fire eldste kyrne det er bestilt prøve av er født i 2005, 2006 og 2008.
Det å ha begge foreldre genotypet, kontra en av foreldrene, vil også øke sikkerheten på avlsverdien til det enkelte dyret.
Figur 2. Fødselsår på hunndyr det er bestilt genotyping av.
Gentoyping gir raskere avlsframgang
Genotyping av kviger og kyr i egen besetning har stor betydning for god avlsplanlegging og vil gi en mer effektiv avlsframgang i egen buskapen. Dette fordi avlsverdiene til hunndyra blir sikrere, og derfor kan man ta gode og sikre valg for rekruttering av mødre til neste generasjon. Genotyping av NRF-hunndyr i besetningen bestilles på medlem.tine.no under menypunktet «Styring og planlegging/avlsplanlegging».
Definisjon av begrep
Fenotypisk variasjon: Den variasjonen som observeres mellom dyr, som er påvirket både av miljøet og genene.
Gener: Genene ligger som DNA-sekvenser på kromosomene. Et gen koder for et protein som har en helt spesiell biokjemisk funksjon i kroppen.
Genotype: Er basekodene som utgjør arvematerialet til et individ.
Genotyping: Avlesing av dyrets gener. I dag leses det av 55 000 punkter på DNAet til hvert dyr, hvor punktene som leses av er tilknyttet kjente gener (DNA-sekvenser)