Genotyping av kuer øker sikkerheten på GS-indeksene
Tester viser at genotyping av kuer vil bli viktig for å øke sikkerheten på GS-indeksene.
oyvind.nordbo@geno.no
havard.melbo.tajet@geno.no
begge avlsforskere i Geno
Alle delindeksene for jureksteriør unntatt midtband har meget gode sikkerheter.
Foto: Solveig Goplen
Når det utvikles ny metodikk eller modellene som ligger til grunn for indeksberegningene forbedres, er det viktig å sjekke om de teoretiske beregningene stemmer med det mjølkeprodusenten opplever i fjøset. Dette kan gjøres ved noe vi kaller kryssvalidering. Metodikken går ut på at vi «kamuflerer» prestasjonen (fenotypen) på en del kuer, beregner indeksen og ser hvor godt indeksen klarer å spå (predikere) det kua presterer i fjøset, for eksempel mjølkeytelse, fruktbarhetsresultater eller eksteriør. Dette er et uttrykk for sikkerheten på indeksen. Avlsframgangen er en direkte effekt av denne sikkerheten. Arbeidet med å øke sikkerheten på indeksene står derfor helt sentralt i jakten på størst mulig avlsframgang.
Kryssvalidering
I det tidlige arbeidet med genomisk seleksjon (GS), ble alle historiske NRF-okser som var benyttet genotypa, og dette gav et godt grunnlag for å beregne avlsverdier. Den teoretiske forståelsen av GS sier oss at ved å genotype kuer med fenotyper registrert i Kukontrollen vil sikkerheten på indeksene øke. Kostnaden er stor, og spørsmålet er om forbedringene er marginale eller betydelige. I vinter hadde vi genotypet mellom 8 000 og 9 000 kuer. For å finne ut av verdien av dette har vi beregnet indekser med og uten disse kugenotypene. Deretter har vi kryssvalidert indeksene for å se om de bedre klarer å forutsi hvordan kua presterer i fjøset. Resultater for kg protein og fruktbarhet er vist i tabell 1.
Når det presenteres kryssvalideringsresultater er det viktig å presisere at det er mange måter å gjennomføre dette på og at resultatene avhenger av metodikken. Man må derfor være varsom med å sammenligne kryssvalideringer gjort med ulike metodikk.
|
Sikkerhet uten kugenotyper |
Sikkerhet med kugenotyper |
|---|---|---|
Antall omløp, 1. til 4. laktasjon |
0.711 |
0.734 |
KFI (dager fra kalving til første inseminasjon), 1. til 4. laktasjon |
0.477 |
0.495 |
Mjølk, kg protein, 1. til 4. laktasjon |
0.716 |
0.746 |
Kugenotyper øker sikkerhet fruktbarhet
Egenskapen antall omløp har en arvbarhet på litt under to prosent. Ved bruk av forenkla beregninger der vi ser bort fra gammel informasjon på fedre og morfedre og kun vektlegger datterinformasjon, vil GS-sikkerheten uten kugenotyping på en kalv tilsvare en avkomsgranska okse med 200 døtre, mens GS-sikkerheten med kugenotyper vil tilsvare en avkomsgranska okse med 235 døtre.
Basert på disse resultatene forventer vi at vil ha betydelig økning i GS-sikkerhet ved å fortsette arbeidet med genotyping av kuer.
GS-sikkerhet eksteriør og klauvhelse
I avlsplanlegging betyr jur- og beineksteriør mye for mange produsenter. I enkelte regioner er man også spesielt opptatt av klauvhelse. Det er derfor interessant å se på hvordan delindeksene for disse egenskapene gjør det i kryssvalidering. I tabell 2 under har vi presentert GS-sikkerheter for disse gruppene av egenskaper. Resultatene er relevante for genotypa kvigekalver, kuer og unge okser.
Vi ser at svært mange av disse egenskapene ligger godt over 0.6, noe vi regner som meget bra. Av jureksteriøregenskapene har midtbandindeksen lavest sikkerhet. Her jobber vi nå med å forbedre modellen, samt å inkludere 2. og 3. laktasjonsdata i beregningene. Foreløpige resultater viser tilnærmet dobling av arvbarheten og en korrelasjon mellom første og andre laktasjons midtbandeksteriør på ca. 0,95. Vi har altså all grunn til å tru at vi skal forbedre GS-sikkerheten med nye modeller. For klauvlidelser har vi begrenset med historiske data, og etter hvert som datamengdene øker vil sikkerhetene stige framover.
Egenskaper |
Sikkerhet på indeksen |
|---|---|
Jurbalanse |
0.670 |
Jurfeste bak bredde |
0.657 |
Jurfeste bak høgde |
0.661 |
Speneplassering bak |
0.607 |
Jurfeste framme |
0.647 |
Speneplassering framme |
0.719 |
Midtband |
0.538 |
Spenetjukkelse |
0.689 |
Spenelengde |
0.647 |
Jurdybde |
0.721 |
Beinstilling bak |
0.623 |
Hasevinkel |
0.671 |
Kodeledd |
0.707 |
Forfangehetsrelaterte klauvlidelser |
0.393 |
Infeksiøse klauvlidelser |
0.700 |
Korketrekkerklauv |
0.533 |