Avl

Geno med på stort EU-finansiert prosjekt

Gene2Farm er arbeidstittel på et stort EU finansiert prosjekt som nå er avsluttet, og hvor Geno har vært en sentral partner. Prosjekttittel var «Next generation European system for cattle improvement and managemeent», og ble finansiert gjennom EUs 7. rammeprogram. Hovedmålet for prosjektet var å utnytte genominformasjon i avlsarbeidet på en optimal måte til bruk i avlsprogrammer for raser utenom Holstein.

Trygve R. Solberg

Internasjonal forretningsutvikling

trs@geno.no

Avl

Gene2farm

Gene2Farm-prosjektet startet for litt over fire år siden, og var et initiativ fra en gruppe forskere ved Parco Tecnologico Padano (PTP) som er et forskningssenter innen bioinformatikk og genom forskning i Lombardia, nord i Italia. I dette EU-prosjekter var det totalt 17 såkalte SME-partnere, altså små og mellomstore bedrifter som jobber innen avl og genetikk, i tillegg fem akademiske partnere, deriblant NMBU på Ås. Totalt budsjett var på 3 943 585 euro (ca. NOK 34 millioner). I så store prosjekt deler man prosjektet opp i ulike arbeidspakker med ansvarlige for hver arbeidspakke, i tillegg en egen administrasjon som koordinerer prosjektet og rapporterer sentralt til EU. Geno var ansvarlig for arbeidspakke 6, som gikk på implementering og testing av metodikk utviklet i tidligere arbeidspakker. Geno har også vært ansvarlig og delaktig i deloppgaver under de andre arbeidspakkene. Figur 1 viser de ulike arbeidspakkene, og hvordan dette var sydd sammen i det totale prosjektet.

Fordeler med et slikt prosjekt

Det er flere fordeler med å være delaktig i et så stort EU-prosjekt. En fordel er det nettverket og de kontaktene man oppnår gjennom samarbeidet, det andre er det faglige utbytte, og kompetansebygging gjennom prosjektperioden. For Geno sin del har blant annet deler av den genotypingen som er gjort på NRF blitt finansiert gjennom dette prosjektet, i tillegg har man vært med å utvikle metoder og verktøy som nå er implementert i NRF-avlen. Man får også et innblikk i hva som foregår av FoU i andre miljø, og man får brynt seg litt på andre likeverdige fagmiljø.

Ett-stegs GS-metodikk

Som man ser av figur 1 så har flere arbeidspakker bygget på hverandre. Man har startet med en beskrivelse av genotypedata og fenotypedata (egenskaper) (WP2 og WP3), og videre kartlagt hvilket behov man har og hvilke system man skal bruke for innhenting og lagring av data. Kartlegging av den genetiske arkitekturen (populasjonsstruktur, WP4) er også vesentlig for blant annet å vite hvilke dyr, og hvor mange dyr man velger å genotype ut ifra hva man har av budsjett. WP1 har vært metodeutviklingen, og her har det blant annet blitt jobbet med ett-stegs GS-metodikken som vi nå har implementert i NRF-avlen. WP5 var på mange måter den arbeidspakken som har sydd dette sammen, og utviklet protokoller og verktøy til implementering, mens WP6 har testet ut metoder fra WP1 med bruk av data fra WP2 og WP3.

Kompetanseoppbygging

En annen, og viktig arbeidspakke i dette prosjektet har vært WP7. Denne har utnyttet kompetansen i nettverket og arrangert work-shops og seminarer for kompetansebygging og trening i de verktøy som er utviklet i prosjektet. Til disse samlingene har man invitert alle organisasjoner tilhørende konsortiet, men også invitert til åpen deltakelse hvis det ikke har vært fulltegnet. Geno sine ansatte fra FoU har deltatt på flere av disse seminarene.

Synliggjort Geno og NRF

Oppsummert kan vi si at prosjektet har levert metodikk som er implementert i NRF avlen, gitt oss nødvendig kompetanse og verktøy til utvelgelse av dyr til genotyping, opparbeidet et viktig faglig nettverk og ikke minst synliggjort Geno og NRF!