Avl

Genomiske avlsverdier for kjøttproduksjon

Elena Kirsanova skrev i vår masteroppgave innen storfeavl ved Institutt for husdyr- og akvakulturvitenskap ved NMBU. Tittel på masteroppgaven er «Genomiske avlsverdier for kjøttproduksjonsegenskaper hos NRF».

Bjørg Heringstad

Avlsforsker Geno/NMBU

bjorg.heringstad@geno.no

Øyvind Nordbø

Avlsforsker Geno/Norsvin

Oyvind.Nordbo@geno.no

Inkludering av genomisk informasjon økt sikkerheten på avlsverdiene for oksene i testdatasettet med 0.14 for fettgruppe, 0.17 for slakteklasse og 0.19 for slaktevekt.

Foto: Animalia

Geno bruker nå en ett-stegs metode for å beregne genomiske avlsverdier. Her kombineres slektskapsinformasjon basert på stamtavle (A-matrise) for dyr som ikke er genotypet med genomisk slektskapsinformasjon basert på SNP-data (G-matrise) for dyr som er genotypet. Det kan være fordelaktig å justere G med informasjon fra A i større eller mindre grad. Målet med Elena sin masteroppgave var å undersøke om ulik vektlegging av G og A påvirket sikkerheten og «bias» (skjevhet eller systematisk feil) for genomiske avlsverdier for kjøttproduksjonsegenskaper for NRF.

Kjøttproduksjonsegenskaper

For å beregne avlsverdier for kjøttproduksjonsegenskaper brukes slaktedata fra sønner av NRF seminokser. Egenskapene som inngår i kjøttindeksen er slaktevekt, slakteklasse og fettgruppe. Arvegraden er 0,24 for slaktevekt, 0,29 for slakteklasse og 0,35 for fettgruppe. Det er en positiv genetisk sammenheng mellom de tre egenskapene, med genetiske korrelasjoner fra 0,09 (slaktevekt og fettgruppe) til 0,46 (slaktevekt og slakteklasse).

Sikkerhet på avlsverdier

Seminokseemner som har vært genotypet, men ikke kjøpt av Geno og som nå har egne slaktedata, ble brukt for å teste sikkerhet på avlsverdier for kjøtt. Totalt var dette 746 okser. Ved å undersøke sammenhengen mellom disse oksenes slaktedata og avlsverdiene deres, beregnet med og uten genotypedata, kan vi vurdere hvor presist avlsverdiene kan forutsi resultater for kjøttproduksjonsegenskaper. For at sikkerhetsnivået skulle være relevant for en seleksjonskandidat, kamuflerte vi slaktedata på disse 746 oksene før beregning av avlsverdier.

Tabell 1 viser effekten av å inkludere genomisk informasjon i beregning av avlsverdier for dyr som ennå ikke har egne prestasjoner eller avkom med data. Sikkerheten på avlsverdiene for oksene i testdatasettet økte med 0.14 for fettgruppe, 0.17 for slakteklasse og 0.19 for slaktevekt med genominformasjon inkludert.

Tabell 1. Sikkerhet1 på avlsverdier for kjøttproduksjonsegenskaper for oksene i testdatasettet (dyr uten egne data eller avkom med data) beregnet med slektskapsinformasjon kun basert på stamtavle (EBV) eller hvor slektskapsinformasjon er basert på SNP-data for dyr som er genotypet (GEBV).
Egenskap	EBV	GEBV	Differanse
Slaktevekt	0.38	0.57	0.19
Slakteklasse	0.43	0.60	0.17
Fettgruppe	0.62	0.76	0.14

¹ Sikkerhet («reliability») ble beregnet som korrelasjon mellom avlsverdi og korrigert fenotype (det vil si slaktedata korrigert for systematiske effekter som for eksempel alder) dividert med kvadratroten av arvegraden for egenskapen (sikkerhet for fenotypeobservasjon).

Vektlegging av A og G

Elena Kirsanova fullførte sin mastergrad i husdyrvitenskap ved IHA, NMBU i juni i år. Hun er nå ansatt som PhD-stipendiat ved Institutt for basalfag og akvamedisin ved NMBU, hvor hun har et prosjekt på kronisk subklinisk mastitt.

Foto: Privat

Effekten av ulik vektlegging av A- og G-matriser ble undersøkt og konklusjonen var at en oppnår høyest sikkerhet på genomiske avlsverdier for kjøtt om G justeres med informasjon fra A. 20 prosent vekt på A for slakteklasse og fettgruppe og 10 prosent vekt på A for slaktevekt ga høyest sikkerhet. For å få minimerer risiko for systematiske feil eller skjevheter i beregningene (det vil si regresjonskoeffisient mellom avlsverdi og korrigert fenotype nær 1) bør A vektlegges med 20 prosent for slakteklasse og 0 prosent for fettgruppe og slaktevekt.

Resultatene er tatt i bruk

Resultatene fra Elena sin masteroppgave ble umiddelbart tatt i bruk av Geno for å øke sikkerheten på genomiske avlsverdier. Genomisk slektskap justeres nå med slektskapsinformasjon basert på stamtavle (10 prosent vekt på A og 90 prosent på G) ved beregning av alle avlsverdier på NRF.

Hele avhandlingen er tilgjengelig på Brage, et åpent digitalt arkiv ved NMBU: https://www.nmbu.no/om/biblioteket/publisere/brage pdf-kopi av Masteroppgaven til Elena: http://hdl.handle.net/11250/2399860

Revidert kjøttindeks

Kjøttindeksen består av tre delindekser og vektinga av disse ble justert i høst. Ny vektlegging av delegenskapene som inngår i kjøttindeksen er 45 prosent slaktevekt, 45 prosent slakteklasse og 10 prosent fettgruppe.